これはWindows Server 2012のバグとしか思えないんですが、、、
Windows Server 2012に「役割と機能の追加ウィザード」で「,NET FrameWork 3.5」をインストールすると、標準の機能のくせにインストール失敗しエラーとなります。

どのようにしたらWindows server 2012に.Net Framework 3.5をインストール出来るのでしょうか？
ちなみに、Windows server 2012 R2でも同様な現象が起きます

レジュメ

Windows Server 2012に.NET Framework 3.5 をインストールする方法。

に、「役割と機能の追加ウィザード」で「.NET FrameWork 3.5」を追加した場合の話です。
インストールexeをマイクロソフトからダウンロードして来ても、Windows Serve 2012ではインストール出来ません。

.NET Framework 3.5 Featuresとは？

が含まれています。

「サーバーマネージャー」から追加できます

役割と機能追加を「次へ」「次へ」と進んでいき、「.NET Framework 3.5 Features」にチェックを入れ「次へ」ボタンを押します。

「代替ソースパスの指定」をクリックします。
Windows Server 2012のメディアをDVD-ROMに入れて、メディア内の\sources\sxsを指定し「OK」ボタンを押します

元の画面に戻り「インストール」ボタンを押します

Windowsの再起動は求められませんでした。