Beanstalkで「環境の再構築」を行った場合、それまであったBeanstalkのロードバランサーやターゲットグルーピやAutoScalingグループはどうなるのでしょうか？
確認してみました。

環境・前提条件

既に運用中のBeanstalkの環境がある状態で、そのBeantalkの既存環境を「環境の再構築」アクションを行います。

結論、既存のロードバランサーやターゲットグループやAutoScalingグループは削除され再作成される

想像通りですかね。

再作成なので、Beanstalkの構築設定ウィザードをすっ飛ばし、既存環境は削除され再度新しくBeanstalk環境が再作成されます。

当然、カスタマイズしていると環境を削除出来ずにエラーになることも

例えば、AutoScalingグループに他のターゲットグループを紐づけていたりとか
ターゲットグループを他のELBが紐づけされていたりとか、関連付けをカスタマイズしていると、普通に手動削除の場合でも、エラーとなって削除できませんので、

当然、Beanstalkも処理の途中で削除に失敗し、「環境の再構築」に失敗します。

そして、何とか再度Beanstalkの「環境の再構築」がされた後は、もちろん手動でカスタマイズした環境設定については元に戻っていますので、再度酒王でカスタマイズする必要があります。

今回は以下のエラーで環境の再構築に失敗してしまいましたが・・・

今回は、ロードバランサーとかターゲットグループやAutoScalingグループが再度作成された後で、最後の最後で

The EC2 instances failed to communicate with AWS Elastic Beanstalk, either because of configuration problems with the VPC or a failed EC2 instance. Check your VPC configuration and try launching the environment again.

Stack named 'awseb-e-********-stack' aborted operation. Current state: 'CREATE_FAILED' Reason: The following resource(s) failed to create: [AWSEBInstanceLaunchWaitCondition].

といったエラーで環境の再構築は失敗してしまいましたが・・・
ロードバランサーやターゲットグループやAutoScalingグループが削除され再作成されることはわかりましたので、良しとしました。
（Beanstalkは時々、解決が不明なエラーが出たりしますし）

追伸、半日くらい置いて再度「環境の再構築」を行ってみた所、エラーは解消した

Beanstalkを削除したり構築したりしていると、時々原因不明の（そんなはずないのではという）エラーが出来る時があります。例えば、デプロイ用にAWSが用意している「サンプルアプリケーションが無い」とか、、、
そういう時は、しばらく時間をおいてから試してみるとエラーが解消したりするので不思議ですね（まだ、未成熟な部分があるのかもしれません）